Die Erkennungsprofile einzelner Antigene unterscheiden sich, wie in Bild rechts zu sehen ist, deutlich von den in der Topographieaufnahme ermittelten. Dargestellt sind das Erkennungsprofil der Topographieaufnahme (schwarz) und der Erkennungsabbildung (rot).

Das mit der Erkennungsmethode aufgenommene Profil erscheint zumindest 1nm höher und 10nm breiter.

Erklären läßt sich dies mithilfe des Prozesses der Bildentstehung:

Wenn sich der Antikörper, wie im Bild links zu sehen ist, dem Antigen von links nähert, so kann er durch das lange Zwischenstück bereits etwa 10nm bevor sich die Spitze tatsächlich über dem Molekül befindet, eine Bindung eingehen.

Sobald der Antikörper gebunden ist, wird die Oszillation des Trägers zusätzlich durch die Bindung zwischen Antikörper und Antigen reduziert, die wie eine anziehende Feder wirkt. Dadurch wird das Profil nochmals "höher" und erreicht sein Maximum über der Position der Antigen Stelle. Dieses Maximum und damit die Position des Antigens, ist mit einer Genauigkeit von etwa 3,1 nm angebbar.
Auch bei weiterer Bewegung nach rechts kann die Spitze durch das Zwischenstück noch länger mit dem Antigen in Kontakt bleiben als sie es im normalen AFM kann.

In Wirklichkeit ist das Molekül jedoch nochmals um einiges kleienr und schmäler, als es in der Topographieaufnahme scheint. Diese Abweichung lässt sich durch Verbreiterung durch die Ausdehung der Spitze und durch die Kompression des Moleküls aufgrund der angelegten Kraft erklären.

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